任罡美國加州大學舊金山實驗室
① 蛋白質結構功能研究的最新方法有哪些
蛋白質結構研究方法進展
X-射線晶體學技術
核磁共振衍射技術
電子顯微技術
質譜法
熒光共振能量轉移技術（FRET）
同源建模預測蛋白質結構
酵母雙雜交，三雜交
CO-IP
雙向電泳
目前已經有許多蛋白質結構預測服務通過網際網路對公眾免費開放。由於結構預測技術本身的局限性，每種預測服務都各有得失。
三級結構預測（同源建模）：
• 瑞士生物信息研究所 SWISS-MODEL
• 丹麥技術大學生物序列分析中心 CPHmodels
• 比利時拿摩大學 ESyPred3D
• 英國癌症研究中心 3DJigsaw
二級結構預測（折疊識別）：
• 美國哥倫比亞大學 PredictProtein
• 英國瓦衛克大學 PSIpred
• 印度昌迪加爾的微生物技術研究所 APSSP
• 歐洲生物信息研究所（EBI）Jpred
• 美國加利福尼亞大學 SSpro
α－螺旋傾向性預測（從無到有）：
• 歐洲分子生物學實驗室(EMBL) AGADIR
參考文獻：
[1] Masatsune Kainosho1, Takuya Torizawa1, Yuki Iwashita1, Tsutomu Terauchi1, Akira Mei Ono1 and Peter
Güntert2 Optimal isotope labelling for NMR protein structure determinations Nature 440, 52-57 (2 March 2006) |
doi:10.1038/nature04525
[2] Liu D, Lepore BW, Petsko GA, Thomas PW, Stone EM, Fast W, Ringe D. Three-dimensional structure of the quorum-quenching N-acyl homoserine lactone hydrolase from Bacillus thuringiensis.Proc Natl Acad Sci U S A. 2005 Aug 16; 102(33):11882-7
[3]劉買利 張許葉朝輝 提高生物大分子NMR解析度和靈敏度的有效方法：TROSY和CRINEPT 波譜學雜志2004.9 371-381
[4]李慧林,施丹,任罡,等. 生物大分子的電子顯微學[M ]. 見:葉恆強,王元明編. 電子顯微學進展. 北京:科學出版社, 2003.
[5]王大能,陳勇,隋森芳. 電子顯微學在結構生物學研究中的新進展. 電子顯微學報, 2003, 10.
[6]Robinson A New Avenue for Mass Spectrometry 2006 February Vol .3 No 2 Nature publishing
[7]Schleifenbaum, A.; Stier, G.; Gasch, A.; et al. J. Am. Chem. Soc., 2004, 126, 11786.
[8]tockholm, D.; Bartoli, M.; Sillon, G.; et al. J. Mol. Biol., 2005, 346, 215.
② 用swiss-model進行蛋白質三維結構預測後的問題
蛋白質結構研究方法進展 X-射線晶體學技術 核磁共振衍射技術 電子顯微技術質譜法熒光共振能量轉移技術（FRET） 同源建模預測蛋白質結構 酵母雙雜交，三雜交CO-IP雙向電泳目前已經有許多蛋白質結構預測服務通過網際網路對公眾免費開放。由於結構預測技術本身的局限性，每種預測服務都各有得失。 三級結構預測（同源建模）： 瑞士生物信息研究所 SWISS-MODEL 丹麥技術大學生物序列分析中心 CPHmodels 比利時拿摩大學 ESyPred3D 英國癌症研究中心 3DJigsaw 二級結構預測（折疊識別）： 美國哥倫比亞大學 PredictProtein 英國瓦衛克大學 PSIpred 印度昌迪加爾的微生物技術研究所 APSSP 歐洲生物信息研究所（EBI）Jpred 美國加利福尼亞大學 SSpro α－螺旋傾向性預測（從無到有）： Güntert2 Optimal isotope labelling for NMR protein structure determinations Nature 440, 52-57 (2 March 2006) | doi:10.1038/nature04525 [2] Liu D, Lepore BW, Petsko GA, Thomas PW, Stone EM, Fast W, Ringe D. Three-dimensional structure of the quorum-quenching N-acyl homoserine lactone hydrolase from Bacillus thuringiensis.Proc Natl Acad Sci U S A. 2005 Aug 16; 102(33):11882-7 [3]劉買利 張許葉朝輝 提高生物大分子NMR解析度和靈敏度的有效方法：TROSY和CRINEPT 波譜學雜志2004.9 371-381 [4]李慧林,施丹,任罡,等. 生物大分子的電子顯微學[M ]. 見:葉恆強,王元明編. 電子顯微學進展. 北京:科學出版社, 2003.
③ 如何使用psipred蛋白質序列分析工作台
蛋白質結構研究方法進展
X-射線晶體學技術
核磁共振衍射技術
電子顯微技術
質譜法
熒光共振能量轉移技術（FRET）
同源建模預測蛋白質結構
酵母雙雜交，三雜交
CO-IP
雙向電泳
目前已經有許多蛋白質結構預測服務通過網際網路對公眾開放。由於結構預測技術本身的局限性，每種預測服務都各有得失。
三級結構預測（同源建模）：
? 瑞士生物信息研究所 SWISS-MODEL
? 丹麥技術大學生物序列分析中心 CPHmodels
? 比利時拿摩大學 ESyPred3D
? 英國癌症研究中心 3DJigsaw
二級結構預測（折疊識別）：
? 美國哥倫比亞大學 PredictProtein
? 英國瓦衛克大學 PSIpred
? 印度昌迪加爾的微生物技術研究所 APSSP
? 歐洲生物信息研究所（EBI）Jpred
? 美國加利福尼亞大學 SSpro
α－螺旋傾向性預測（從無到有）：
? 歐洲分子生物學實驗室(EMBL) AGADIR
參考文獻：
[1] Masatsune Kainosho1, Takuya Torizawa1, Yuki Iwashita1, Tsutomu Terauchi1, Akira Mei Ono1 and Peter
Güntert2 Optimal isotope labelling for NMR protein structure determinations Nature 440, 52-57 (2 March 2006) |
doi:10.1038/nature04525
[2] Liu D, Lepore BW, Petsko GA, Thomas PW, Stone EM, Fast W, Ringe D. Three-dimensional structure of the quorum-quenching N-acyl homoserine lactone hydrolase from Bacillus thuringiensis.Proc Natl Acad Sci U S A. 2005 Aug 16; 102(33):11882-7
[3]劉買利 張許葉朝輝 提高生物大分子NMR解析度和靈敏度的有效方法：TROSY和CRINEPT 波譜學雜志2004.9 371-381
[4]李慧林,施丹,任罡,等. 生物大分子的電子顯微學[M ]. 見:葉恆強,王元明編. 電子顯微學進展. 北京:科學, 2003.
[5]王大能,陳勇,隋森芳. 電子顯微學在結構生物學研究中的新進展. 電子顯微學報, 2003, 10.
[6]Robinson A New Avenue for Mass Spectrometry 2006 February Vol .3 No 2 Nature publishing
[7]Schleifenbaum, A.; Stier, G.; Gasch, A.; et al. J. Am. Chem. Soc., 2004, 126, 11786.
[8]tockholm, D.; Bartoli, M.; Sillon, G.; et al. J. Mol. Biol., 2005, 346, 215.